Mills, Taylor, Julia M. Vinzelj, Emma R. Cook, Emma Mills, Alexander J. Rurik, Jason W. Dallas, Donald M. Walker, Paul A. Stone, Cameron D. Siler, Mostafa S. Elshahed & Noha H. Youssef (2026): Exploring the diversity and community structure of the Testudines fecal mycobiome. – bioRxiv 2026.04.22.720109.
Untersuchung der Vielfalt und der Gemeinschaftsstruktur des Mykobioms im Kot von Testudines.
DOI: 10.64898/2026.04.22.720109 ➚
Gopherus berlandieri,
© Daniel A. Guerra
Die meisten Studien zum Darmmikrobiom haben sich auf Bakterien konzentriert, wodurch eine Wissenslücke hinsichtlich der mit dem Darm assoziierten Pilze besteht. Wir untersuchten die Pilzvielfalt im Magen-Darm-Trakt der Reptilienordnung Testudines (Schildkröten) anhand von Proben aus 6 Familien, 19 Gattungen und 27 Arten. Es wurde eine äußerst vielfältige Gemeinschaft aus 17 Phyla und 157 Ordnungen festgestellt, wobei vier Phyla (Neocallimastigomycota, Chytridiomycota, Ascomycota und Basidiomycota) 89,13 % der Gemeinschaft ausmachten. Neocallimastigomycota wurden in den Wirtsfamilien Testudinidae (Landschildkröten), Chelidae, Chelydridae, Emydidae, Geoemydidae und Kinosternidae identifiziert, wobei die relative Häufigkeit bei den Testudinidae (40,18 ± 37,97 %) höher war als bei allen anderen Familien zusammen (2,71 ± 4,04 %). Sequenzen der Neocallimastigomycota waren in der Wirtsfamilie Testudinidae überwiegend den Ordnungen Testudinimycetales und in anderen Wirtsfamilien den Neocallimastigales zugeordnet. Chytridiomycota wurden in allen Wirtsfamilien identifiziert, waren jedoch in den Kinosternidae (45,17 ± 34,12 %) am weitesten verbreitet und am häufigsten anzutreffen und wiesen eine hohe Variabilität zwischen den Proben auf. Die Dikarya-Gemeinschaften waren sehr vielfältig, wobei 108 Ordnungen identifiziert wurden, und wiesen, ähnlich wie die Chytridiomycota, ein stark stochastisches Verteilungsmuster auf. Es wurden Vertreter mehrerer noch nicht kultivierter Phyla (Candidatus „Algovoracomycota“, „Sedimentomastigomycota“, „Tartumycota“ und „Cantoromastigomycota“) identifiziert, ebenso wie acht neue Ordnungen in den Chytridiomycota und Rozellomycota. Deterministische Selektion prägte die Gemeinschaftszusammensetzung in der Wirtsfamilie Testudinidae, während der Prozess in anderen Wirtsfamilien stochastischer verlief. Die unterschiedliche Gemeinschaftsstruktur wurde durch Unterschiede in der Häufigkeit und Identität der Neocallimastigomycota bestimmt, wenn man Testudinidae mit anderen vergleicht. Unsere Ergebnisse beschreiben eine vielfältige und dynamische Pilzgemeinschaft, die durch das gemeinsame Vorkommen von autochthonen (ansässigen) und transienten (allochthonen) Mitgliedern des Darmmikrobioms geprägt ist.
Bedeutung: Es ist bekannt, dass Pilze den Magen-Darm-Trakt (GIT) von Menschen und Säugetieren besiedeln. Informationen über die Pilzgemeinschaft im GIT von Reptilien sind jedoch relativ spärlich. Wir untersuchten die Diversität und Gemeinschaftsstruktur von Pilzen in der Reptilienordnung Testudines. Wir führten eine kulturunabhängige Diversitätsuntersuchung an Kotproben durch, die von 27 verschiedenen Wirtsarten gewonnen wurden. Wir identifizieren Vertreter von 17 Pilzstämmen. Zudem zeigen wir, dass die anaeroben Darmpilze (Phylum Neocallimastigomycota) nicht, wie zuvor angenommen, auf die Familie Testudinidae (Landschildkröten) beschränkt sind, sondern erfolgreich alle anderen Testudines-Familien besiedeln und bewohnen können, einschließlich jener, die eine überwiegend omnivore oder carnivore Lebensweise aufweisen. Darüber hinaus erweitern wir die bekannte Pilzvielfalt, indem wir weitere Vertreter mehrerer kürzlich beschriebener, jedoch noch nicht kultivierter Stämme identifizieren, und beschreiben mehrere neue Ordnungen und Klassen innerhalb bestehender Stämme. Insgesamt trägt diese Arbeit zum wachsenden Wissensbestand über Mykobiome in bisher wenig erforschten tierischen Wirten bei.
Kommentar von H.-J. Bidmon
Diese liefert einen ersten umfassenden Bericht über das Darmmykobiom der Schildkröten. Dabei wäre es in dieser Anmerkung zu umfangreich auf alle daraufhin untersuchten Süßwasser- bzw. Sumpfschildkröten einzugehen. Allerdings ist die Arbeit mit ausführlichen farbigen Abbildungen versehen, die sowohl die einbezogenen Schildkrötenarten wie auch deren Ernährungsweise und Darmmykobiomzusammensetzung in gegliederter Form darstellen. Bei den Landschildkröten wurden Proben von Geochelone gigantea, Chelonoidis carbonaria, Gopherus berlandieri, Manouria emys, Pyxis planicauda, Astrochelys yniphora, Astrochelys radiata, Centrochelys sulcata, Stigmochelys pardalis, Testudo horsfieldii und Testudo graeca analysiert und je nach Ernährungsweise (omnivor/herbivor) unterteilt. Allerdings gibt es hier eine Einschränkung zu berücksichtigen, denn alle Proben von Landschildkröten stammten nur von Tieren aus Zoohaltungen, so dass man hier kaum die Möglichkeit hatte die Befunde mit jenen von wildlebenden Individuen abzugleichen. Trotzdem lenkt diese Arbeit wieder einmal unser Augenmerk auf einen häufig übersehenen wichtigen Aspekt der ernährungs- und gesundheitsassoziierten Physiologie der Chelonier. Da diese Arbeit auf dem bioRxiv Server noch frei bewertet und kommentiert werden kann, kann sich jeder angesprochen fühlen sich an der wissenschaftlichen Beurteilung zu beteiligen.
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Gopherus berlandieri – Texas-Gopherschildkröte